GT Mobilização e Comunicação – é responsável por desenvolver ações de mobilização e conscientização da igreja evangélica brasileira em favor do segmento quilombola.
GT Jurídico – tem por responsabilidade orientar os participantes da Aliança diante de possíveis demandas jurídicas das comunidades quilombolas que trabalham.
GT Políticas Públicas – tem por responsabilidade assessorar os participantes da Aliança no desenvolvimento de projetos sociais, e na busca e aplicação das políticas públicas nas comunidades quilombolas.
GT Plantio de Igrejas – oferece orientação aos participantes da Aliança nas áreas de plantio de igreja, antropologia, fenomenologia, missiologia e contextualização.
Pesquisa Nacional Segmentos Tradicionais: Comunidades Quilombolas – tem por objetivo mobilizar voluntários para o levantamento da realidade religiosa das comunidades quilombolas do Brasil.